L'acte officiel de constitution du Centre UNESCO de la Catalogne a eu lieu le 12 décembre 1984. Les statuts originaux ont été inscrits au Registre de la Direction Générale du Droit et des Entités Juridiques du Département de la Justice de la Generalitat de Catalunya le 25 février 1985 et ont été révisés le 6 septembre 1996.

La structure de travail du Centre s'organise autour de trois axes : les départements, qui génèrent la pensée et les projets en matière de diversité linguistique, de diversité religieuse et dialogue, des droits humains et de la diversité culturelle, de l'éducation, du patrimoine et de développement durable ; les sections, à savoir le bureau de conseil, l'école de formation, l'observatoire et la coordination du réseau civil UNESCO, qui projettent et donnent de la visibilité aux contenus ; et enfin les services, qui contribuent au développement des différents programmes.