El acto oficial de constitución del Centro UNESCO de Cataluña tuvo lugar el 12 de diciembre de 1984. Los estatutos iniciales se inscribieron en el registro de la Dirección General de Derecho y de Entidades Jurídicas del Departamento de Justicia de la Generalidad de Cataluña el 25 de febrero de 1985, y se revisaron el 6 de septiembre de 1996.


La estructura de trabajo del Centro se organiza en torno a tres ejes: los departamentos, que generan pensamiento y proyectos en materia de diversidad lingüística, diversidad religiosa y diálogo, derechos humanos y diversidad cultural, educación, patrimonio y sostenibilidad, las áreas, es decir la consultoría, la escuela de formación, el observatorio y la coordinación de la red civil UNESCO, que proyectan y dan visibilidad a los contenidos, y los servicios, que apoyan en el desarrollo de los programas.