L'acte oficial de constitució del Centre UNESCO de Catalunya va tenir lloc el 12 de desembre del 1984. Els estatuts inicials es van inscriure al registre de la Direcció General de Dret i d'Entitats Jurídiques del Departament de Justícia de la Generalitat de Catalunya el 25 de febrer del 1985, i es van revisar el 6 de setembre del 1996.

L'estructura de treball del Centre s'organitza al voltant de tres eixos: els departaments, que generen pensament i projectes en matèria de diversitat lingüística, diversitat religiosa i diàleg, drets humans i diversitat cultural, educació, patrimoni i sostenibilitat; les àrees, és a dir la consultoria, l'escola de formació, l'observatori i la coordinació de la xarxa civil UNESCO, que projecten i donen visibilitat als continguts; i els serveis, que donen suport en el  desenvolupament dels programes.